由于阿根廷获得了1986年世界杯冠军，所以他们可以直接晋级1990年世界杯，其余的南美诸强则将争夺2.5个参赛席位。共有9支球队参加南美洲预选赛，他们被分成了三个小组，成绩最好的那两个小组第一直接晋级世界杯，最差的那个则参加洲际附加赛。
第一小组的三支球队是乌拉圭、玻利维亚和秘鲁。乌拉圭无疑是本小组实力最强的球队，虽然在89年的美洲杯上他们卫冕失利区居亚军，但要对付同组这两支球队应该还是没有多大问题的。可他们却在玻利维亚的主场栽了跟头，输了个1:2。好在其他比赛他们全部拿下了，且再也没有丢球，最终以净胜球优势力压玻利维亚获得小组第一。
第二小组的三支球队是哥伦比亚、巴拉圭和厄瓜多尔。哥伦比亚本来可以作为东道主参加1986年世界杯，结果碍于哥伦比亚国内形势和经济危机放弃了。随着以巴尔德拉马为代表的一批球星开始崭露头角世界杯结果，哥伦比亚也有实力冲击世界杯。可他们在2:0拿下厄瓜多尔之后遭遇两场不胜，先是客场1:2不敌巴拉圭，然后客场0:0厄瓜多尔。虽然在主场2:1拿下了巴拉圭，积分反超了对手1分，但哥伦比亚的比赛已经全部踢完，而巴拉圭还有一场比赛。可巴拉圭没有把握住机会，他们客场1:3输给了厄瓜多尔，哥伦比亚幸运拿下小组第一。
第三小组恐怕是三个小组中实力最强的一个小组，巴西、智利和委内瑞拉。委内瑞拉就是来凑数的，这小组还是看巴西和智利的火拼，不曾想他们之间的较量却产生了世界足坛史上的一场闹剧。由于在智利主场两队1:1握手言和，又都顺利拿下了和委内瑞拉的所有两场比赛，所以最后一轮两队的对决将决定谁是小组第一。
比赛于1989年9月3日在马拉卡纳球场上演。实力更为强大且坐拥主场优势的巴西队在比赛第49分钟取得领先。之后的比赛中巴西牢牢掌控局势，拿下胜利似乎已无问题，谁知意外发生了。场边的球迷开始扔烟花进场内，这在马拉卡纳似乎是家常便饭，谁知智利门将罗哈斯以手掩面，痛苦地倒在地上，人们走近后发现，鲜血染红了他的球衣，难道是烟花击中了他？智利队队医立即冲入场内，队友合力将罗哈斯抬下，紧接着智利队以球场安全问题为由退场罢赛。
这可是个严重的事件，巴西可能会被判负从而无缘世界杯。但质疑声开始出现，有照片显示当时罗哈斯离烟花有一米远，不可能炸成这样的重伤。国际足联介入调查后，越来越多的疑惑开始出现，罗哈斯的伤口是割伤而非烧伤，球员本人在接受问询时也漏洞百出。最终真相大白，原来罗哈斯由于深知自己球队实力不及巴西队，所以在赛前在其左手套里藏了一把小刀，当烟花出现在他身边时，他利用大家视线被烟雾遮挡之际迅速掏出刀子亲手划伤了自己的脸。智利和罗哈斯为此付出了惨重代价，比赛结果被判负，无缘1990世界杯，并且被追加禁止参加1994年世界杯世界杯结果，而罗哈斯则被终身禁赛。
这样的结果让巴西和乌拉圭携手晋级世界杯，而哥伦比亚则要和大洋洲的胜利者展开对决。出人意料的是大洋洲的胜利者不是澳大利亚也不是新西兰，而是以色列。虽然就1:0小胜了新西兰，其余三场比赛全平，但得益于澳大利亚和新西兰鹬蚌相争，以色列竟然获得了最后的胜利。
但面对哥伦比亚时，以色列没有这样的好运气了，客场0:1告负，主场0:0互交白卷，最终哥伦比亚顺利晋级。
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